नवव्या शतकातच जावाही शैलेन्द्र साम्राज्यापासून स्वतंत्र झाले. तरीही अकराव्या शतकापर्यंत शैलेन्द्र घराणेच इंडोनेशियात प्रमुख होते. अकराव्या शतकात दक्षिण हिंदुस्थानातील चोलांची आणि शैलेन्द्र राजांची लढाई जुंपली, त्यात चोल विजयी झाले व जवळ जवळ पन्नास वर्षे इंडोनेशियातील विस्तृत भागांवर त्यांची सत्ता चालली. चोल निघून गेल्यावर शैलेन्द्र राजे पुन्हा सावरले व आणखी तीनशे वर्षे त्यांचे स्वतंत्र राज्य होते, परंतु ते पूर्वेकडील समुद्रातील प्रभावी सत्ताधारी राहिले नाहीत व तेराव्या शतकात त्यांचे साम्राज्य विस्कळीत होऊ लागले. शैलेन्द्र राजांचा राज्यविस्तार कमी होऊन त्यांपैकी बराच भाग जावा राज्याने घेतल्यामुळे जावाचे राज्य वाढले, व इकडे सयाम (थायलंड) चेही तसेच झाले. चौदाव्या शतकाच्या मध्याला जावाने श्रीविजयाचे शैलेन्द्र साम्राज्य संपूर्णपणे जिंकून घेतले.
नवीनच पुढे आलेल्या या जावा राज्याचाही जुना इतिहास विस्तृत आहे, दीर्घ आहे. ते ब्राह्मणधर्मी राज्य होते. सर्वत्र बौध्द धर्माचा प्रसार होत असतानाही त्या राज्यात जुन्या धर्मावरची श्रध्दा टिकून राहिली. श्रीविजयाच्या शैलेन्द्र साम्राज्याने जावाचा निम्माअधिक भाग पादाक्रान्त केला. तरीही जावा शरण गेले नाही, शैलेन्द्राची राजकीय व आर्थिक सत्ता त्याने मानली नाही. जावा राज्यातले लोक बहुतेक सगळे दर्यावर्दी होते व त्यांचे लक्ष मुख्यत: व्यापारावर होते. त्यांना नाना प्रकारचे दगडी भव्य प्रासाद, मंदिरे, बांधकाम करण्याचा छंद होता. आरंभी याला सिंघसरीचे राज्य असे नाव होते परंतु पुढे १२९२ मध्ये मजपहित हे नवे शहर उभे राहून तेथून मजपहित साम्राज्य सुरू होऊन वाढले. श्रीविजयानंतर मजपहित साम्राज्यच आग्नेय आशियात प्रबळ होते. कुब्लाईखानाने चिनी वकील मजपहिताकडे पाठविले होते. परंतु त्यांचा अपमान करण्यात आला. तेव्हा चीनने मजपहितावर स्वारी करून या लोकांचे पारिपत्य केले. चिनी लोकांपासून जावावाल्यांनी बंदुकीच्या दारूचा शोध घेतला असावा व त्याच्याच बळावर त्यांनी पुढे शैलेन्द्राचा कायमचा मोड करून त्यांना जिंकून घेतले.
मजपहित साम्राज्याची मध्यवर्ती सत्ता अत्यंत प्रबळ होती व हे साम्राज्य वर्धिष्णू होते. करपध्दती फार व्यवस्थित असून व्यापार, वसाहती यांच्याकडे विशेष लक्ष पुरविण्यात येई. निरनिराळी खाती-व्यापार खाते वसाहत खाते, सार्वजनिक आरोग्य खाते, युध्दखाते, अंतर्गत गृहखाते-इत्यादी होती. वरिष्ठ न्यायमंदिर असून त्यात अनेक न्यायाधीश होते. ही साम्राज्यसत्ता इतकी नीट, सुसंघटित होती की आश्चर्य वाटते. हिंदुस्थान ते चीनचा व्यापार हा त्यांचा मुख्य उद्योग होता. राणी सुहिता ही या राजघराण्यातील अतिप्रसिध्द राज्यकर्ती होऊन गेली.
मजपहित आणि श्रीविजय यांच्यातील युध्दात फार क्रूरपणा झाला. त्यामुळे मजपहितांचा जरी विजय झाला तरी कटकटीची बीजे कायमची पेरली गेली. शैलेन्द्र साम्राज्यातील उरलेल्या राज्यसत्तेने दुसर्‍या लोकांशी, विशेषत: अरब व नव्याने बाटून मुसलमान झालेल्या इतर काही लोकांशी संगनमत केले व त्यानंतर या सर्वांची सुमात्रा, मलाक्का येथे मलाया सत्ता सुरू झाली. आतापर्यंत दक्षिण समुद्रावर दक्षिण हिंदुस्थानचे किंवा हिंदी वसाहतींचे प्रभुत्व होते, ते आता अरबांकडे गेले. मलाक्का भरभराटीला येऊन राजकीय सत्ता आणि व्यापार यांचे ते प्रमुख केंद्र बनले व मलाया द्वीपकल्पात आणि इतर बेटांत इस्लामी धर्म पसरला. या नवीन सत्तेने पंधराव्या शतकाच्या अखेरीस मजपहितांच्या सत्तेचा शेवट केला. परंतु लौकरच इ.सन १५११ मध्ये अल्बुकर्कच्या नेतृत्वाखाली पोर्तुगीज आले आणि त्यांनी मलाक्काचा कब्जा घेतला. नवीन वाढत्या दर्यावर्दी सामर्थ्यामुळे युरोपियन लोक अतिपूर्वेकडे येऊन अशा रीतीने ह्या भागात दाखल झाले.
