नवजातात जन्मजात व्यंगे आढळण्या मागील प्रमुख कारण म्हणजे गर्भावस्थेत मद्यपान करणे. फीटल अल्कोहोल सिंड्रोमसाठी आवश्यक ती दारूची मात्रा संशोधकांना अद्याप माहीत झाली नसल्याने गर्भवतींनी एकंदरीनेच मद्यपान टाळावे हे उत्तम. गर्भावस्थेत दारू पिण्याने फार मोठे परिणाम होतात.
गर्भावस्थेदरम्यान दारू पिणार्या महिलांच्या बाबतीत गर्भपाताची शक्यता, न पिणार्याप गर्भवतींच्या मानाने, जवळपास दुप्पट असते – मोठ्या प्रमाणात पिणार्यानचे बाबतीत अजूनच जास्त. बरेचदा गर्भावस्थेत नियमितपणे दारू पिणार्यां्च्या नवजातांचे वजन इतर बाळांपेक्षा खूपच कमी असते – उदा. मोठ्या प्रमाणात दारू पिणार्यांजच्या नवजातांचे सरासरी वजन फक्त 4 पौंड भरते. सामान्यतः हे वजन 7 पौंड असते. तसेच गर्भावस्थेत दारू पिणार्यांनच्या नवजातांची वाढ नीट होत नाही व ते काही काळातच मरून जाण्याची शक्यता असते.
गर्भावस्थेमध्ये दारू पिण्याने होणारा सर्वांत गंभीर परिणाम म्हणजे फीटल अल्कोहोल सिंड्रोम. अधूनमधून म्हणजे दिवसाला तीन पेग्ज घेतल्यानेही हा आजार होऊ शकतो. 1,000 जिवंत नवजातांपैकी सुमारे दोघांमध्ये ही लक्षणे आढळतात. ह्या आजाराची लक्षणे म्हणजे जन्माआधी किंवा जन्मानंतरची अपुरी वाढ, चेहर्यााची व्यंगे, डोके छोटे असणे (बहुधा मेंदूची वाढ कमी झाल्याने), अपुरी मानसिक वाढ तसेच वर्तणूकविषयक विकास नीटपणे न होणे. कधीकधी सांध्याची जागा व वाढ नेहमीसारखी नसते आणि हृदयाचे दोषही आढळतात.
गर्भावस्थेत दारू पिणार्या महिलांची बाळे किंवा वाढत्या वयाच्या मुलांमध्ये वर्तणूकविषयक बर्यावच समस्या दिसतात. उदा. सामाजिकदृष्ट्या अयोग्य वागणे किंवा लक्ष न लागणे (स्थिरचित्त नसणे – अटेंशन डेफिसिट डिसॉर्डर). अशा बाळाला उघड दिसणारी जन्मजात व्यंगे नसली तरीही ह्या समस्या असू शकतात.