डार्विनचीं मातृकुल व पितृकुल दोन्ही चांगलीं होतीं. त्याच्या वडिलांचे वडील इरॅस्मस डार्विन हे प्रसिध्द निसर्गशास्त्री होते. त्यांनीं वनस्पतींच्या प्रेमलीला हें काव्य तसेंच लॉज् ऑफ ऑर्गॅनि लाइफ (सेंद्रिय जीवनाचे नियम) हें पुस्तक लिहिलें. त्याचे आईकडचे पणजोबा चिनी मातीच्या भांड्यांचे मोठे कारखानदार होते, त्यांचें नांव जोशिया वेजवुड. शास्त्रें व कला यांत खूप रस घेणारें वातावरण डार्विनच्या घरांत असणें साहजिकच आहे. लहानपणीं डार्विन सौम्य वृत्तीचा व चिंतनशील होता. त्याला लहान लहान खडे, दगड, शिंपले, नाणीं, फुलें, कृमी, जीवजंतू, पक्ष्यांचीं अंडीं, कीटक वगैरे जमविण्याचा फार नाद होता. तो जिवंत कीटक पकडीत नसे, मेलेले आढळले तरच उचली. फुलपांखरांसहि तो मारीत नसे; पण पक्षी मात्र आपल्या छोट्या बंदुकीनें तो खुशाल मारी ! दुरून जीव घेण्यांत त्याच्या बालमनाला जणूं हरकत वाटत नसावी. पुष्कळ वर्षे त्याला शिकारीचा नाद होता, पण एके दिवशीं एका जखमी पक्ष्याच्या वेदना पाहून त्याच्या मनावर खूप परिणाम झाला व केवळ करमणुकीखातर पुन: प्राण्यांची हिंसा करावयाची नाहीं असा निश्चय त्यानें केला. त्याची आई तो आठ वर्षांचा असतां वारली. त्याचा बाप रॉबर्ट वेअरिंग डार्विन हा भीमकाय पुरुष होता. त्याचें वजन साडेतीनशें पौंड होतें. तो अत्यंत आनंदी व कार्यक्षम होता; पण त्याला पुत्राचा स्वभाव मात्र नीट समजला नाहीं. तो निरुपयोगी उडाणटप्पू आहे असें त्याचें मत होतें. जगांतला सारा केरकचरा-फुलें, पांखरे, दगडधोंडे-घरांत आणून भरणारा हा पोरगा पुढें काय करणार, असें त्याला वाटे. मुलाच्या हातून कांहीं कर्तबगारी होईल असें बापास वाटेना. त्याच्या डोक्यांत थोडेंफार जुनें ज्ञान कोंबण्यासाठीं बापानें त्याला ग्रीक व लॅटिन शिकविणार्या एका शाळेंत घातलें. पण मुलानें शिक्षणाकडे लक्ष न देतां बापाच्या बागेंतच एक गुप्त प्रयोगशाळा सुरू करून रसायनशास्त्राचे व पदार्थविज्ञानाचे प्रयोग चालविले, त्यामुळें त्याला सारे जण वेडपट म्हणूं लागले. मुलें त्याला 'गॅस' म्हणत. हेडमास्तरांनीं त्याला 'निष्काळजी माणूस' ही पदवी दिली. मुलाच्या या प्रयोगांमुळें व उंदीर पकडण्याच्या खेळामुळें विटून व घाबरून बापानें त्याला क्लासिकल शाळेंतून काढून घेऊन एडिंबरो येथें वैद्यकाचा अभ्यास करण्यास पाठविलें.
पित्याच्या धंद्याचें शिक्षण घेण्यांत डार्विन थोडा वेळ रमला; पण ऍनॉटमीचीं व्याख्यानें त्याला कंटाळवाणीं वाटू लागलीं. शस्त्रक्रियेचे प्रयोगहि त्याला बघवेनात. एका मुलावर करण्यांत येत असलेली शस्त्रक्रिया पाहून डार्विन खोलींतून पळून गेला ! त्या वेळीं गुंगी आणणारा क्लोरोफार्म नसल्यामुळें तो मुलगा फोडीत असलेल्या किंकाळया पुढें कित्येक वर्षे तो विसरूं शकला नाहीं. गटेप्रमाणेंच तो वर्गांत फारसें शिकला नाहीं. तो शाळेबाहेरच बरेंचसें शिकला. तो दारू पिई, जुगार खेळे, प्रेम करी. हें सर्व करीत असतां तो आपल्या अजबखान्यांत अधिकाधिक वस्तूंची भर घाली. 'मुलगा डॉक्टर होणें शक्य नाहीं' असें वाटल्यामुळें बापानें त्याला धर्मोपदेशक करावयाचें ठरवून केंब्रिजच्या ख्रिश्चन कॉलेजांत घातलें. या वेळीं तो अठरा वर्षांचा होता. येथें तो तीन वर्षे होता. ''हीं तीन वर्षे फुकट गेलीं, वाईट वाटतें. नुसतीं फुकट जातीं तरी बरें; पण प्रार्थना, दारू पिणें, गाणें, पत्ते खेळणें या आणखी गोष्टी त्यात होत्या.''