या विस्तृत साम्राज्यात कितीतरी मोठमोठी पुरे, पट्टणे होती. परंतु पाटलिपुत्र हे मुख्य शहर होते. ती राजधानीच होती. गंगेच्या तीरावर, जेथे गंगा आणि शोणभद्र यांचा संगम होतो, तेथे हे शहर वसले होते. मेग्यास्थेनीसने या नगरीचे पुढीलप्रमाणे वर्णन केले आहे. ''गंगा आणि दुसर्या एका नदीच्या संगमावर हे पालिबोथ्रा (पाटलिपुत्र) शहर वसले आहे. याची लांबी ९१/५ मैल आणि रुंदी १७/१० मैल आहे. याचा आकार समांतरभुज चौकानाप्रमाणे आहे. शहराच्या सभोवती लाकडी तट आहे. मधूनमधून बाणवृष्टी करण्यासाठी झरोके आहेत. समोरच्या बाजूला रक्षणार्थ मोठा खंदक असून गावातील गटारे त्यातच सोडलेली आहेत. हा खंदक चोहोबाजूंना असून, या खंदकाची रुंदी ६०० फूट व खोली ४५ फूट आहे. तटाला ५७० बुरुज आहेत आणि ६४ दरवाजे आहेत.
शहराचा तटच लाकडी होता असे नव्हे, तर शहरातील बहुतेक घरेही लाकडी असत. भूकंपाचा तो टापू असल्याने ही सावधगिरी घेतलेली असावी. १९३४ मधील बिहारच्या भूकंपाने या गोष्टीची आपणांस चांगलीच आठवण करुन दिली. घरे लाकडी असल्यामुळे आगीपासून बचावाची फार कडेकोट व्यवस्था असे. प्रत्येक घरकामाला शिड्या, आकड्या, पाण्याने भरलेली भांडी यांची तरतूद ठेवावी लागे.
पाटलिपुत्र शहरात लोकनियुक्त नगरपालिका होती. तीस सभासद असत, त्यांच्या पाचापाचाच्या सहा समित्या करण्यात येत. त्यांच्याकडे निरनिराळी खाती सोपवण्यात येत. उद्योगधंदे व कारागिरी, जन्म-मृत्यू, विविध प्रकारच्या वस्तू तयार करण्याचे कारखाने, प्रवासी आणि यात्रेकरु यांची व्यवस्था वगैरे खाती होती. सारे तीस जणांचे मंडळ, सर्व मिळून आर्थिक व्यवस्था, तसेच आरोग्य, पाणीपुरवठा, आणि सार्वजनिक उपवने, उद्याने यांची व्यवस्था पाहात.